Історія факультету математики, фізики і комп’ютерних наук розпочалася з часу заснування у Вінниці учительського інституту в липні 1912 р. Уже тоді студенти вивчали фізико-математичні дисципліни: арифметику, алгебру, геометрію, тригонометрію та фізику. Із 1919 р. підготовка в учительському інституті здійснювалася за трьома напрямами, один із яких був фізико-математичний.
Як окремий структурний підрозділ фізико-математичний факультет створено в 1939 р. Навчально-виховну та наукову роботу тоді здійснювали дві кафедри: математики (завідувач – Р.М. Трахтенберг) та фізики (завідувач – І.Д. Конозенко).
У різні роки фізико-математичний факультет очолювали декани: М.З. Феліксов (1945-1946 рр.), І.Д. Ільєвський (1946-1949 рр.), Г.Ф. Півень (1950-1962 рр., 1967-1969 рр.), М.О. Куріцин (1962-1964 рр.), Г.Ф. Бушок (1964-1967 рр.), Н.М. Шунда (1970-1974 рр.), А.П. Войцехівський (1975-1985 рр.), І.О. Рокіцький (1985-1997 рр.), О.В. Мозговий (1997-2004 рр.).
У 1979 р. фізико-математичним факультетом уперше здійснено набір студентів на спеціальність «Загальнотехнічні дисципліни». У 1981 р. створено факультет підготовки вчителів загальнотехнічних дисциплін і праці, який у 1994 р. перейменовано в педагогічно-індустріальний факультет (декани: Г.І. Новіков (1981-1982 рр.), Д.А. Мошинський (1982-1992 рр.), Р.С. Гуревич (1992-2004 рр.)).
У лютому 2004 р. на базі двох факультетів – фізико-математичного та педагогічно-індустріального – створено Інститут перспективних технологій, економіки та фундаментальних наук (ІПТЕФН), який очолив Р.С. Гуревич (2004-2011 рр.). У квітні 2008 р. ІПТЕФН перейменовано в Інститут математики, фізики і технологічної освіти, а у вересні 2016 р. – у факультет математики, фізики і технологій, у лютому 2021 році після реорганізації став факультетом математики, фізики і комп’ютерних наук. З 2011 р. до вересня 2023 р. структурним підрозділом керував С.В. Подолянчук.
З вересня 2023 року факультет очолює кандидат педагогічних наук, доцент Воєвода Аліна Леонідівна.
Нині до складу факультету входять три кафедри: математики та інформатики; алгебри і методики навчання математики; фізики і методики навчання фізики, астрономії.
Підготовка майбутніх фахівців на факультеті здійснюється за ступенями вищої освіти бакалавра, магістра за такими спеціальностями:
014.04 Середня освіта (Математика),
014.08 Середня освіта (Фізика),
014.09 Середня освіта (Інформатика),
111 Математика.
За ступенем доктора філософії за спеціальністю 014.04 Середня освіта (Математика).
Свої витоки кафедра математики та інформатики починає від створеної у 1933 р. кафедри математики. У різні роки кафедрою керували Р.М. Трахтенберг (1933-1941 рр. та 1945-1947 рр.), І.Д. Ільєвський, В.Я. Горошко, П.М. Глушков (1966-1971 рр.), В.Л. Карпенко (1971-1976 рр.), П.М. Олонічев (1976-1981 рр.), А.А. Томусяк (1981-1988 рр., 2011 р.), В.С. Трохименко (1988-1998 рр.), В.С. Абрамчук (1998-2008 рр.), М.М. Ковтонюк (2008-2010 рр.), Л.А. Тютюн (2010-2011 рр.), О.З. Тимошенко (2011-2012 рр.), А.М. Коломієць (2012-2016 рр.). Із 2016 р. кафедру очолює М.М. Ковтонюк.
Кафедра алгебри і методики навчання математики бере свій початок з 1961 р., коли було створено кафедру елементарної математики з методикою викладання математики, а у 1974 р. її перейменовано в кафедру алгебри і методики викладання математики. Першим завідувачем був О.І. Власенко (1961-1972 рр.), потім – В.Т. Кулик (1972-1982 рр.), І.Ю. Побережник (1982-1983 та 1988-1991 рр.), Н.М. Шунда (1972-1982 рр.), М.З. Грузман (1991-1995 рр.), О.З. Тимошенко (1995-2003 рр.), О.І. Матяш (2003-2020 рр.), а з 2020 року кафедру очолює Коношевський О.Л.
Кафедра фізики і методики навчання фізики, астрономії розпочинає свою історію з 1933 р. зі створення кафедри фізики. Очолювали кафедру І.Д. Конозенко (1933-1937 рр.), В.К. Бернацький (1937-1944 рр.), А.Ф. Самарін (1944-1946 рр.), В.М. Коновалов (1946-1957 рр.), A.M. Яворський (1952-1966 рр.), В.М. Носолюк (1966-1974 рр.), І.М. Кучерук (1974-1976 рр.), П.М. Зузяк (1976-1982 рр. та 1985-2001 рр.), Є.С. Смолінський (1982-1985 рр.), В.І. Солоненко (2001-2009 рр.), М.В. Дідовик (2009-2011 рр.). Нині кафедру очолює В.Ф. Заболотний. Із 2003 р. до жовтня 2011 р. функціонувала кафедра методики викладання фізики та інформатики, яку очолювали в різні роки В.Ф. Заболотний (2003-2006 рр. та 2009-2011 рр.) та А.М. Сільвейстр (2006-2009 рр.).
Основою факультету математики, фізики і комп’ютерних наук є його кадровий потенціал. Усі педагогічні працівники факультету мають науковий ступінь кандидата або доктора наук.
Викладачі факультету виконують науково-дослідні роботи з актуальних наукових проблем, здійснюють підготовку докторів філософії в аспірантурі ВДПУ, виборюють гранти, розвивають і зміцнюють міжнародні зв’язки. Активною є видавнича діяльність: публікуються монографії, підручники та посібники, результати досліджень у провідних наукових вітчизняних і зарубіжних виданнях.
Чимало викладачів факультету входять до складу спеціалізованих вчених рад із захисту кандидатських та докторських дисертацій, є членами редколегій наукових видань, входять до складу експертних комісій, оргкомітетів та журі Всеукраїнських студентських та учнівських олімпіад, конкурсів, турнірів тощо.
Організація і проведення наукових конференцій та семінарів, студентських олімпіад і конкурсів різного рівня є важливим напрямом діяльності факультету. Вже традиційними стали міжнародні науково-практичні конференції «САММАС» (комети, астероїди, метеори, метеорити, астроблеми, кратери) (з 1999 р.), «Структурна релаксація в твердих тілах» (з 2003 р.), «Проблеми та перспективи фахової підготовки вчителя математики» (з 2009 р.), Олімпіада геометричної творчості імені В.А. Ясінського (з 2017 р.), Міжнародна науково-практична Інтернет-конференція «Математика та інформатика в науці й освіті», круглий стіл «Форсайт розвитку математичної та інформатичної освіти на Вінниччині і в Україні» ( з 2017 р.).
На базі факультету проводиться низка науково-методичних заходів, зокрема: міжрегіональна науково-практична конференція «Астрономія і сьогодення» (з 2012 р.), Всеукраїнська дистанційна науково-методична конференція «Методичний пошук вчителя математики» (2017 р.), турнір математиків (з 2014 р.), конкурс педагогічного таланту (з 2008 р.), олімпіада з програмування (з 2016 р.), щорічні Фестивалі науки, різноманітні обласні семінари та семінари-практикуми для вчителів математики, фізики, інформатики.
Факультет математики, фізики і комп’ютерних наук пишається видатними успіхами своїх вихованців: понад 30 випускників захистили докторські та понад 160 – кандидатські дисертації. Тривалий час (із 1976 р. до 2003 р.) ректором нашого університету працював Н.М. Шунда. Проректорами з різних напрямів діяльності були викладачі факультету, серед яких чимало випускників університету: Л.П. Войцехівський, Н.М. Шунда, І.М. Кучерук, В.М. Носолюк, П.М. Зузяк, А.А. Томусяк, П.К. Гороль, В.С. Абрамчук, І.О. Рокіцький, А.М. Коломієць.
Відомими науковцями і громадськими діячами, керівниками органів виконавчої влади та місцевого самоврядування різних рівнів, діячами і керівниками освітянської й наукової галузей стали: доктор педагогічних наук, професор, дійсний член (академік) Національної академії педагогічних наук України Р.С. Гуревич; член-кореспондент НАН України, доктор фізико-математичних наук, професор, лауреат Державної премії України Є.Ф. Венгер; доктор юридичних наук, професор, генерал-лейтенант В.А. Тимошенко; народний учитель України, Почесний громадянин м. Вінниці Ю.Я. Пасiхов (фізико-математична гімназія № 17 м. Вінниці); заступник голови Вінницької обласної ради, кандидат технічних наук, доцент І.Д. Івасюк та ін.